Pierwotnie, od XIII do XV wieku, był franciszkański. Następnie, w latach 1557 – 1724, należał do protestantów, od 1724 do 1821, do bernardynów, a od 1830 jest kościołem parafialnym. W 2001 roku biskup Andrzej Suski podniósł świątynię do godności sanktuarium błogosławionego. Kościół uchodzi za jeden z symboli Torunia. Mieści się w północno-zachodnim narożniku Rynku Staromiejskiego, przy ul. Panny Marii 2. Przy jej południowym krańcu znajduje się dawna furta klasztorna, która obecnie pełni funkcję plebanii. Wartymi zobaczenia są znajdujące się w kościele zachowane elementy gotyckiego wyposażenia wnętrza oraz dzwon św. Wawrzyńca z 1386, który jest jednym z najstarszych dzwonów w Polsce.